В 1991 г., когда Святая София вновь стала действующим кафедральным собором Новгородской епархии, по инициативе и благословению владыки Льва был учреждён Консультационный Совет по сохранению художественных ценностей Софийского собора в лице крупнейших отечественных специалистов в области искусства и реставрации. По предложению Совета при соборе была создана Хранительская служба, призванная осуществлять профессиональный музейный контроль над состоянием находящихся в храме уникальных произведений древнерусского искусства.
С 1993 г. обязанности главного хранителя собора исполняет Т.Ю. Царевская; в качестве консультантов выступают Л.В. Ежова, Г.Р. Столова и Т.А. Ромашкевич — опытные реставраторы, которые стояли у истоков возвращения Софии Православной церкви. Благодаря им были отреставрированы наиболее трудные и аварийные иконы Софийских иконостасов – «Богоматерь Тихвинская», XVI-XVII вв., «Спас на престоле» 1362 г. в Рождественском (Малом) иконостасе; «Успение Богоматери», XVII в., одна из икон «Страстного» цикла праздничного ряда и «Богоматерь на Престоле» XVI в. из пророческого ряда Успенского (Большого) иконостаса. 
Огромную помощь собору в сохранении древних икон – выведении их из аварийного состояния – с 1996 г. оказывали ежегодные студенческие практики реставраторов факультета Церковных художеств ПСТГУ (руководители – профессор Г.С. Клокова, ст. преподаватель С.В. Свердлова). Непосредственное руководство осуществляла Л.В. Ежова — художник-реставратор высшей категории.
В 1999-2000 гг. в Мартирьевской паперти по благословению владыки Льва были развернуты масштабные археологические исследования древнего Некрополя собора. Проводили их на средства Софийского собора московские археологи и антропологи (Вл.В. Седов и Д.В. Пежемский). Перед началом работ был отслужен молебен. Раскопки увенчались сенсационными открытиями и находками, которые еще предстоит оценить по достоинству.
В настоящее время проводится подборка вынутых из раскопа в южном нефе фрагментов фрески XV в. с изображением Богоматери с младенцем на троне. Реставрация этой композиции осуществляется совместно с Новгородским музеем-заповедником под руководством художника-реставратора Т.А. Ромашкевич. В 2000-е г. 
На хорах собора силами Хранительской службы подготовлена и открыта выставка «К 950-летию освящения Софийского собора». Тогда же была издана и первая брошюра, посвященная Софийскому собору. Она предварила целый ряд небольших изданий, посвященных святыням храма – Магдебургским вратам, Успенскому и Рождественскому иконостасам, новое — расширенное — издание и по истории и убранству Святой Софии Новгородской. В епархиальном журнале «София» сотрудники службы публикуют научно-популярные статьи, знакомящие с историей храмовых святынь и результатами их исследований. 
Хранительская служба имеет многопрофильный фронт работ – от мониторинга ТВР и его регулирования до решения сложных проблем реставрации, от организации и ведения хранительской документации до издательской и экскурсионно-просветительской деятельности. Всё это неотъемлемо от жизни храма, который является величайшей отечественной православной святыней и одновременно выдающимся творением древних зодчих, хранящим в себе бесценные сокровища новгородской художественной культуры.
Электронный почтовый адрес Хранительской службы: sofhran@mail.ru